艾玛很伤心,因为现在只有雅格布可以看的到怪物,却不能帮助这些孩子们渡过难关,请雅格布离开。雅格布回到现实时间,发现了一具尸体,没了眼睛。雅格布跑回了洞穴,一个男人追着他并且抓住了雅格布,这个男人正是巴伦。儿童之家的人都在忙碌的准备东西。却开门看到了被巴伦威胁的雅格布,巴伦很高兴见到佩小姐,希望她能为了雅格布的安全叫孩子们去做自己吩咐的事情。佩小姐知道巴伦的意图,她把孩子们聚集在一个客厅里面,自己留下来变成鸟自愿飞到巴伦的笼子里,祈求雅格布照顾好她的孩子们。随后巴伦将雅格布也一起关到了客厅里。鹊夫人动员孩子们关闭了所有了门窗,雅格布、伊诺克和艾玛去找佩小姐最有力的的武器,反抗巴伦。

孩子们重新回到客厅,鹊夫人却被怪物吸走,伊诺克被怪物的触须抓住,雅格布命令孩子上阁楼,千钧一发之际,发出弓弩救了伊诺克。阁楼窗户外下着雨,菲奥娜首先跳下窗户将大树的枝干生长,供孩子们逃生。天上又出现了飞机,这天正是1943年9月3日,那颗炸弹就在怪物攻击雅格布之时在儿童之家的房顶上炸开,艾玛用悬浮超能力救下了雅格布。时间循环关闭。巴伦和佩小姐都消失了。

众人来到岸边,必须要寻找一艘轮船,孩子们潜入海底,将那艘轮船重新点燃起希望和生机,悬浮在海面行驶。最终到达伦敦。雅格布、艾玛和米勒通过冰雪游乐园,来到巴伦和他的朋友们的地方。想要寻找通往地窖的门,即通往Ymbryne的路。雅格布和艾玛设计引巴伦的朋友们出来,通过冰雪游乐园,一方面让米勒制造乱象,另一方面伊诺克发挥他擅长使骷髅动起来的超能力让游乐园魔鬼城堡里面的尸骨骷髅去攻击巴伦朋友,同时,剩余的孩子们在魔鬼城堡上砸雪球。为了能让孩子们和骷髅门看到那四个怪物,艾玛把棉花糖吹起来粘到怪物身上,游乐园的人们就像是在看一场魔幻剧,无数骷髅和无形的怪物拼个你死我活!

接下来是雅格布和孩子们的第二步,解救佩小姐。孩子们潜入巴伦和剩下三个朋友身边,艾玛把巴伦吹到转盘上,雅格布射弩,贺瑞斯口吐蜜蜂去蛰巴伦的朋友。每个人都在发挥着所长,为解救佩小姐努力着。最终,当雅格布解救了所有的Ymbryne物种后,伊诺克和艾玛来找雅格布的时候,巴伦也化成了雅格布的模样。雅格布看到了有一个怪物出现,怪物的触角缠住了另一个雅格布,吸食了巴伦的眼睛,迫在眉睫之际,怪物攻击真正的雅格布,雅格布接过伊诺克手中的弓弩射穿了怪物的眼睛,至此,打败了巴伦和他的朋友们。

因为光圈即将关闭,孩子们必须回到循环时间里。所有的孩子们都和雅格布依依惜别,连伊诺克也对雅格布没有了抵触之情。雅格布希望继续保护她们,但是艾玛说:我们需要的不是你给我们的安全感,而是你让我们感受到了勇敢的力量。雅格布留在了魔鬼城堡的这一头,孩子们穿过魔鬼城堡登上船只回到属于她们的世界。

后来雅格布见到了爷爷,与爷爷相拥。爷爷送给他一份礼物,有钱,有地图,鼓励孙子回到1943年,寻找艾玛。雅格布不停的寻找光圈,在沙漠,在东京,在海军,最终来到了他们曾经一起登过的轮船,见到了甲板上的艾玛,艾玛与雅格布热情拥吻。

佩小姐在海边柱子上微笑着望着她们离去,化成鸟盘旋在孩子们的天空上方。这艘轮船全速前进,向着阳光,向着幸福……